В ведении ГБУ Дирекция по ООПТ РБ находится 5 природных парков и 27 государственных природных заказников.

Работники Дирекции в природных парках и заказниках проводят мероприятия по охране природных территорий, борьбе с браконьерством, профилактике возникновения, тушения природных и антропогенных пожаров, биотехнические и учётные мероприятия. В природных парках развивается туристская инфраструктура, создаются рекреационные зоны для полноценного отдыха граждан, ведется работа по экологическому просвещению населения.

В 2022 году:
В природном парке «Аслы-Куль» проведен экологический субботник по посадке лесных культур в целях восстановления озера Аслыкуль. В акции приняли участие 120 человек. Всего высажено 22 500 сеянцев сосны, лиственницы и берёзы.
Команда природного парка «Иремель» ЮнЭк заняла призовое место в VIII Международном слёте «Друзья заповедных островов».
В природном парке «Иремель» завершены работы по обустройству туристской тропы в рамках гранта «Красивый мир» в номинации «Охрана природы и природоохранная наука».
В природном парке «Аслы-Куль» совместно с РОО «Зеленая Башкирия» проведен волонтёрский экологический лагерь «Берказан» с целью благоустройства рекреационной зоны природного парка, в том числе водопада Шарлама.
Отдел экологического просвещения совместно с ведущими орнитологами республики в рамках программы «Наблюдения за птицами в природных парках Башкортостана» провел учёт видового состава птиц.
Состоялись обучающие семинары и итоговая аттестация инспекторского состава ГБУ Дирекция по ООПТ РБ.

В 2022 году в природных парках Башкирии побывали 205 тыс. человек. Максимальное количество туристов зафиксировано в парке «Кандры-Куль». На втором месте по популярности остается «Мурадымовское ущелье». Природные парки «Иремель» и «Аслы-Куль» по популярности занимают третье место. В активно развивающемся природном парке «Зилим» побывали более тысячи человек.